Тогда если у вас с маслом все в порядке, электроника селектора в порядке, разъем и плата мозгов тоже в порядке, то скорее всего как уже сказали ниже - дело в самой коробке - шестереночки истерлись - тогда у вас можно начать присматривать авто на разборке с небольшим пробегом и с него коробку снять - только мозги возможно надо будет перепрописывать.
Но ведь если шестеренки,то и шумы какие то должны присутствовать хотя бы какое то время. Я по опыту знаю как шумит коробка или редуктор.